在 Ubuntu 上安裝 Open-MPI

在 Ubuntu 上安裝 Open Message Passing Interface 的心得

主要參考網站：海豹雜記，使用 Ubuntu Linux 12.04 與 OpenMPI 架設 Cluster

我所認知的 MPI

以程式的角度來看，與 Linux fork() 程式差不多。只是被 fork() 出來的程式，可以在其它台電腦上執行。其執行情形、結果可透過 MPI 傳回。

如何安裝

IP 及 hosts 的設定與 hadoop 一樣，另外，也是要設定 ssh key。

然而因為 MPI 不像 hadoop 一樣，有專門的部份管理 File System；且該程式在執行時，所以機台上的設定、程式位置等，都要一樣。所以要自己設定 Network File System。

Master 端設定

安裝 NFS Server

sudo apt-get install nfs-kernel-server

設定 NFS，把/home 掛到 /export/home 上，方便存取

sudo mkdir /export

sudo mkdir /export/home

sudo mount --bind /home /export/home

設定 /etc/fstab，加入一行指令，這樣每次開機會自動掛載

/home /export/home none bind 0 0

更改 /etc/default/nfs-kernel-server

NEED_SVCGSSD=no

更改 /etc/default/nfs-common

NEED_IDMAPD=yes

NEED_GSSD=no

設定 /etc/exports，很明顯的，這是在告訴說，誰可以掛載哪邊。要注意的是，IP 要設定自己的網段。

/export 192.168.0.0/24(rw,fsid=0,no_subtree_check,sync)

/export/home 192.168.0.0/24(rw,nohide,insecure,no_subtree_check,sync)

動新啟動 NFS Server 與 idmapd，這部份，不是 start 就是 restart，要注意

sudo /etc/init.d/nfs-kernel-server restart

sudo start idmapd

設定 NFS Client

安裝 NFS Client

sudo apt-get install nfs-common

設定 /etc/default/nfs-common

NEED_IDMAPD=yes

重啟 idmapd，還是一樣，不是 start 就是 restart

sudo service idmapd start

設定 /etc/fstab
master:/home /home nfs4 _netdev,auto 0 0

之後安裝 MPI 就可以了
sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc

常用指令：

mpicc hello.c -o hello
mpiexec --host slave1,slave2 -n 4 hello